1、小分子肽不需消化，可以直接吸收。传统上人们认为，只有游离氨基酸才能被动物直接吸收利用。近年来的研究表明，蛋白质在消化道中消化终产物的大部分往往是小肽，而且小肽能完整地通过肠黏膜细胞进入体循环。
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2、小分子肽吸收快速，耗能低且载体不易饱和，而且实验证明，小分子肽比氨基酸更易、更快地被机体吸收利用，并且不受抗营养因子的干扰。
3、小分子肽具有百分之百被人体吸收的特点。与游离氨基酸相比，小分子肽的吸收不仅迅速，而且吸收效率高，几乎全部被机体吸收。
4、小分子肽以完整的形式吸收。小分子肽在肠道中不易进一步水解，能较完整地吸收进入血液循环。血液循环中的小肽能直接参与组织蛋白质的合成，此外，肝脏、肾脏、皮肤和其他组织也能完整地利用小肽。
5、小分子肽的转运机制与氨基酸的转运机制有很大不同，在吸收过程中，不存在与氨基酸转运相互竞争载体或拮抗的问题。
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6、由于避免了游离氨基酸在吸收时的竞争，小分子肽可以使摄入的氨基酸更加平衡，提高了机体蛋白质的合成效率。对于消化系统未发育成熟的婴幼儿，对于消化系统开始退化的老年人，对于急需补充氮源而又不能增加胃肠功能负担的运动员，对于那些消化能力差、营养缺乏、身体虚弱、体弱多病者，若以小肽的形式补充氨基酸，可以改善氨基酸的吸收，满足机体对氨基酸和氮的需求。
7、小分子肽可促进矿物质的吸收，小分子肽可与钙、锌、铜、铁等矿物离子形成螯合物增加其可溶性，有利于机体的吸收。研究证明，在生物体消化过程中形成的酪蛋白磷酸肽可促进钙、铁、锌、锰、铜、镁、硒等的吸收。这是因为钙、铁等金属离子必须在小肠黏膜上处于溶解状态时才能有效地被机体吸收。然而小肠环境偏碱性，钙、铁易与磷酸形成不溶性盐，从而大大降低了钙、铁的吸收率。CPPS可与钙、铁等金属离子形成可溶性复合物，在小肠中使可溶性钙、铁浓度提高，从而增强肠道对钙、铁的吸收。
8、小分子肽被人体吸收后，可以直接作为神经递质，间接刺激肠道受体激素或酶的分泌而发挥作用。
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9、小分子肽可以促进肠道黏膜结构和功能发育。小分子肽可优先作为肠黏膜上皮细胞结构和功能发育的能源底物，有效促进肠黏膜组织的发育和修复，从而维持肠道黏膜正常结构和机能。
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